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DNA有多种不同的构象，其中有些构象之间在构造上的差异并不大。目前已辨识出来的构象包括：A-DNA、B-DNA、C-DNA、D-DNA、E-DNA、H-DNA、L-DNA、P-DNA与Z-DNA.不过以现有的生物系统来说，自然界中可见的只有A-DNA、B-DNA与Z-DNA.DNA所具有的构象可根据DNA序列、超螺旋的程度与方向、碱基上的化学修饰，以及溶液状态，如金属离子与多胺浓度来分类。三种主要构象中以B型为细胞中最常见的类型，与另两种DNA双螺旋的差异，在于其几何形态与尺寸。
其中A型拥有较大的宽度与右旋结构，小凹槽较浅且较宽，大凹槽则较深较窄。A型一般存在于非生理状态的脱水样本中，在细胞中则可能为DNA与RNA混合而成的产物(类似酵素及DNA的复合物) 。若一段DNA上的碱基受到一种称为甲基化的化学修饰，将使其构型转变成Z型。此时螺旋形式转为左旋，与较常见的右旋B型相反。某些专门与Z-DNA结合的蛋白质可辨识出这种少见的结构，此外Z型DNA可能参与了转录作用的调控。
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