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90%以上肠结核是由人型结核分枝杆菌引起的，少数可由牛型结核分枝杆菌引起。结核分枝杆菌引起肠道感染的途径主要有肠源性、血源性和直接蔓延。
1.肠源性
结核分枝杆菌主要经口传染而侵入肠道，患者常为开放性肺结核，由于吞咽了自身含有结核分枝杆菌的痰液而致病。或者经常与开放性肺结核病人一同进餐，缺乏必要的消毒隔离措施从而致病。少数情况下饮用未经消毒的含有结核分枝杆菌的牛奶或乳制品也可引起原发性肠结核。这是因为：正常生理情况下肠内容物通过回盲部括约肌之前滞留于回肠末端时间较长。此外，结肠近端常有反蠕动，使肠道内容物在盲肠停留时间更久。这样结核分枝杆菌与肠道黏膜接触机会多，增加了肠黏膜的感染机会。回盲部有丰富的淋巴组织，而结核分枝杆菌容易侵犯淋巴组织。
2.血源性粟粒型结核时
结核分枝杆菌可经血行播散而引起肠结核。
3.直接蔓延腹腔内结核病灶
如女性生殖器官结核和肾结核直接蔓延可引起肠结核。
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