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临床诊断主要依靠流行病学资料、临床表现和实验室检查的综合分析，确诊有赖于血清学和病原学检查。
1.流行病学资料
本病多见于7～9三个月内，南方稍早、北方稍迟。10岁以下儿童发病率最高。
2.主要症状和体征
起病急、有高热、头痛、呕吐、嗜睡等表现。重症患者有昏迷、抽搐、吞咽困难、呛咳和呼吸衰竭等症状。体征有脑膜刺激征、浅反射消失、深反射亢进、强直性瘫痪和阳性病反射等。
3.实验室检查
(1)血象 白细胞总数常在1万～2万/mm3，中性粒细胞在80%以上;在流行后其的少数轻型患者中，血象可在正常范围内。
(2)脑脊液 呈无色透明，压力仅轻度增高，白细胞计数增加，在50～500/mm3，个别可高达1000/mm3以上。病初2～3天以中性粒细胞为主，以后则单核细胞增多。糖正常或偏高，蛋白质常轻度增高，氯化物正常。病初1～3天内，脑脊液检查在少数病例可呈阴性。
(3)病毒分离 病程1周内死亡病例脑组织中可分离到乙脑病毒，也可用免疫荧光(IFT)在脑组织中找到病毒抗原。从脑脊液或血清中不易分离到病毒。
4.诊断标准
(1)疑似病例 在流行地区蚊虫叮咬季节，出现发热、头痛、恶心、呕吐、嗜睡、颈抵抗、抽搐等。
(2)确诊病例 ①曾在疫区有蚊虫叮咬史。②高热、昏迷、肢体痉挛性瘫痪、脑膜刺激征及大脑椎体束受损(肌张力增强、巴氏征阳性)。③高热，昏迷，抽搐，狂躁，甚至呼吸衰竭、循环衰竭而死亡。④病原学或血清学检查检验获阳性结果。
(3)临床诊断 疑似病例加①和②或②、③项，并排除细菌性脑膜脑炎。
